Родился в 1891 г. Место рождения: Латвия, Баунская вол. Вольмарский уезд.
Латыш.
Получил среднее образование.
Род деятельности к моменту ареста - "Трест блочного строительства: начальник 4-й стройконторы". Был член ВКП(б).Последний раз Эмилий Карлович Алайнис был арестован 1 декaбря 1937 г.
Приговор вынесен Комиссией НКВД и Прокуратурой СССР 24 января 1938 г. Был расстрелян 20 марта 1938 г. на Бутовском полигоне НКВД под Москвой. Реабилитирован 21 сентября 1989 г. за отсутствием состава преступления.